Depuis sa création l’APEE s'est donnée pour mission de :

-          Favoriser les échanges d’expérience, le soutien moral et matériel pour les parents. Amener les parents à accepter et aimer leurs enfants.

-          Encadrer les enfants dans tous les domaines de la vie pour leur permettre un épanouissement et une réinsertion socio-professionnelle.

-          Faire la promotion socio-économique et professionnelle de la personne déficiente intellectuelle et assurer sa prise en charge socio-éducative et médicale.

-          Promouvoir l’éducation inclusive.

-          Promouvoir la création et la gestion d’instituts médicaux-psycho-éducatifs et de CAT.

-          Permettre la formation du personnel encadrant.

-          Mener des actions de sensibilisation et de prévention/vaccination ainsi que des actions contre les IST et le VIH/SIDA.

-          Développer des programmes d’entraînement sportif en faveur des personnes déficientes au Burkina Faso.

-          Aider les mères à mener des Activités Génératrice de Revenus pour prendre en charge leur enfant handicapé.

-          Plaidoyer pour l’insertion des personnes handicapées (surtout en matière de droits).