Depuis sa création l’APEE s'est donnée pour mission de :
- Favoriser les échanges d’expérience, le soutien moral et matériel pour les parents. Amener les parents à accepter et aimer leurs enfants.
- Encadrer les enfants dans tous les domaines de la vie pour leur permettre un épanouissement et une réinsertion socio-professionnelle.
- Faire la promotion socio-économique et professionnelle de la personne déficiente intellectuelle et assurer sa prise en charge socio-éducative et médicale.
- Promouvoir l’éducation inclusive.
- Promouvoir la création et la gestion d’instituts médicaux-psycho-éducatifs et de CAT.
- Permettre la formation du personnel encadrant.
- Mener des actions de sensibilisation et de prévention/vaccination ainsi que des actions contre les IST et le VIH/SIDA.
- Développer des programmes d’entraînement sportif en faveur des personnes déficientes au Burkina Faso.
- Aider les mères à mener des Activités Génératrice de Revenus pour prendre en charge leur enfant handicapé.
- Plaidoyer pour l’insertion des personnes handicapées (surtout en matière de droits).